微動力分散源污水處理在處理高濃度氨氮廢水時不會因為氨氮濃度過高而受到限制，但是不能將氨氮濃度降到足夠低（如100mg/L以下）。而生物脫氮會因為高濃度游離氨或者亞硝酸鹽氮而受到抑制。實際應用中采用生化聯合的方法，在生物處理前先對含高濃度氨氮的廢水進行物化處理。

微動力分散源污水處理工作原理經過收集而來的生活污水首先經過格柵懸浮物的處理，再進入初沉池，在初沉池調節水質、水量的同時發揮其初步沉淀功能，沉淀污水中砂礫等沉淀物，提高其可生化性。經過初沉池處理的污水進入*厭氧池，進一步的降解污水中有機物，使得大分子復合鏈的有機物化為小分子單鏈的有機物，小分子有機物轉變為甲烷和二氧化碳等。池中內置生物填料，可大大降低活性污泥的流失率，也為后續的O級好氧生化作好前處理準備。*厭氧池后再流入O級好氧池中，進行微曝氣好氧反應，由于池中內置高效生物填料，好氧池中生物活性*，微生物在填料表面附著了大量的生物膜，由生物膜對污水進行交換生化處理，在這里污水的污染指數大大降低。好氧池體積負荷zui高可達3kgBOD/（m³d），污水在池內停留時間短的只有無動力的25-50%，大大縮短了處理時間及容積。而由于氧化池內溶解氧高，微生物的內源呼吸進行的較充分，合成物被充分氧化，所以出水水質好且穩定。在進水短期內突然變化，出水水質受影響很小。在經過O級好氧反應后，原水中的污染有機物已經被微生物基本消解，其出水再進入二沉池沉淀，沉淀后污泥進行回流，出水經消毒池消毒，為保證生化物的污泥濃度以及完成脫氮除磷的過程，好氧池后的混合液進行污泥回流。然后，好氧池再經過消毒池消毒處理后，出水可達標排放或回用。